ในปลายปี พ.ศ. 2539 เอกพจน์ลงสมัครรับเลือกตั้ง ในสังกัดพรรคประชาธิปัตย์ ในพื้นที่จ.ปทุมธานีบ้านเกิด และได้รับการเลือกตั้ง โดยชนะทั้งนายชูชีพ หาญสวัสดิ์ และนางวาณี หาญสวัสดิ์ ส.ส.เก่าเจ้าของพื้นที่ยาวนาน ซึ่งทำให้เอกพจน์ได้กลายมาเป็นนักร้องลูกทุ่งคนแรกที่ได้เป็น ส.ส.

จากนั้น เอกพจน์ได้ศึกษาต่อจนจบในระดับปริญญาตรีที่สถาบันราชภัฏเพชรบุรีวิทยาลงกรณ์ ในพระบรมราชูปถัมภ์ และศึกษาต่อในระดับปริญญาโทรัฐศาสตร์มหาบัณฑิต มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์

ในการเลือกตั้งในปี พ.ศ. 2544 ได้ลงสมัครในพื้นที่เดิม สังกัดพรรคประชาธิปัตย์ และได้รับเลือกตั้งอีก ในการเลือกตั้งในปี พ.ศ. 2548 ได้ย้ายไปสังกัดพรรคชาติไทย ซึ่งก็ได้รับการเลือกตั้งอีก และในการเลือกตั้งในปลายปี พ.ศ. 2550 ได้ลงเลือกตั้งอีกครั้งเป็นครั้งที่ 4 ใน จ.ปทุมธานี สังกัดพรรคชาติไทย และได้รับเลือกตั้งอีก

ต่อมาในปี พ.ศ. 2551 ได้ถูกตัดสิทธิทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี เนื่องจากเป็นกรรมการบริหารพรรคชาติไทยซึ่งถูกยุบในคดียุบพรรคการเมือง พ.ศ. 2551[2] เมื่อพ้นจากการถูกตัดสิทธิทางเมือง จึงลงสมัครรับเลือกตั้งในพื้นที่เดิม สังกัดพรรคชาติไทยพัฒนา ในการเลือกตั้งในปี พ.ศ.2557 แต่การเลือกตั้งเป็นโมฆะ

ปัจจุบันเอกพจน์ได้หันมาทำงานการเมืองท้องถิ่น โดยเตรียมลงสมัครรับเลือกตั้งนายกเทศมนตรีเมืองคลองหลวง ในอนาคต